Основание Софийской обители в 1860 году стало возможно благодаря трудам двух подвижников Церкви: старца Адриана Югского (память — 20 авг.н.ст.) и иерея Петра (Томаницкого). Первый собрал общину, ставшую основой новой обители, второй определил для нее место.
Ктитором-благотворителем новой обители стал благочестивый купец Андрей Миклютин, строитель городского Спасо-Преображенского собора. Место, выбранное близ города у Гремячего ручья, было указано Миклютину еще в детстве. До революции в обители успели построить два каменных храма: соборный Софийский и теплый в честь Скорбящей иконы Божией Матери. В их освящении принял участие известный “российский златоуст” Рыбинский протоиерей Родион Путятин.
Земли 258 десятин 1210 кв. саж. При монастыре больница и богадельня для больных и престарелых сестер монастыря. Монастырского капитала в билетах 111 753 руб.
Монастырь был прославлен подвигами многих подвижниц. Одна из них – монахиня Сергия, основательница Леушинской обители (погребена в Софийском монастыре). Последняя из них – монахиня Агния, могилка которой на городском кладбище является ныне чтимой. В монастыре был погребен и блаженный иерей Петр (Томаницкий).
С 1919 по 1923 год постепенно закрываются все храмы обители. В 1934 году монастырские территории заняли под тюрьму НКВД, а кельи приспособили под жилые помещения.
Восстановление поруганной святыни началось с 2009 года. Местные жители вместе с духовенством расчищали заброшенную монастырскую территорию от мусора и завалов. Тогда же приступили к строительно-реставрационным работам в единственном не занятом следственным изолятором здании. К зиме 2011 года строительные работы были завершены: оборудован домовый храм в честь иконы Божией Матери “Нерушимая Стена”.
29 декабря 2012 года первую Божественную литургию в храме совершил епископ Рыбинский и Угличский Вениамин в сослужении клириков епархии.
В интервью, отвечая на вопрос журналистов о возможности восстановления монастыря в Рыбинске, Владыка заметил: «Конечно, работы там очень и очень много. Что сохранилось? Остатки стен и собора- наверное, не больше 10% из того, что было. Но, конечно, главное не стены, а люди. Если будет община, то, наверное, возможно восстановить и монастырь. Кроме общины нужен ещё человек, имеющий опыт устроения монашеской жизни. И я верю, что найдутся люди, которые это сделают. Я — за то, чтобы монастырь был, раз уж исторически он здесь существовал».
5 мая 2015 года в Патриаршей и Синодальной резиденции в Даниловом монастыре под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялось первое в 2015 году заседание Священного Синода Русской Православной Церкви, в связи с прошением Преосвященного епископа Рыбинского и Угличского Вениамина было принято решение открыть Софийский женский монастырь в городе Рыбинске и назначить на должность игумении этого монастыря монахиню Серафиму (Бубёнову).
9 мая 2015 года в кафедральном Спасо-Преображенском соборе г.Рыбинска епископ Рыбинский и Угличский Вениамин возвёл в сан игумении монахиню Серафиму (Бубёнову).
